Der Unterschied zwischen einer Retorte und einem Muffelofen ist weitgehend historisch und semantisch. Im Chemielabor bezieht sich eine Retorte auf das luftdichte Gefäß, in dem das Material verarbeitet wird, während ein Muffelofen ein Begriff der Ofenhersteller ist, der sich auf die Isolierung und Trennung der Heizelemente vom Inhalt der Retorte bezieht. Sowohl Muffel- als auch Retortenöfen beschreiben denselben Ofentyp.
Ein Muffelofen zeichnet sich vor allem dadurch aus, dass er über getrennte Brenn- und Heizkammern verfügt. Die Retorte ist eine gasdichte Kammer, in die das zu erhitzende Material gelegt wird. In der Vergangenheit war diese Trennung wichtig, weil die Nebenprodukte der Verbrennung sonst den Erhitzungsprozess verunreinigt hätten. Mit der Erfindung elektrischer Hochtemperatur-Heizelemente stellten die meisten Ofenhersteller ihre Muffelöfen jedoch schnell auf Elektrobetrieb um. Elektroöfen heizen durch Konduktion, Konvektion oder Schwarzkörperstrahlung, bei denen keine Verbrennungsnebenprodukte entstehen. Dies ermöglicht eine viel bessere Kontrolle der Temperaturgleichmäßigkeit und gewährleistet, dass das erhitzte Material von Verbrennungsrückständen isoliert wird.
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